Дванаестогодишњи рад Бранислава Нушића у дипломатији започиње 19. децембра 1888. године, решењем које је донео Чедомиљ Мијатовнћ, постављајући Нушића за „дијуринисту“ (писара). Писар IV класе, од 1889. године, по одлуци краља Милана, постаје први шеф „ПП одељења“ (,,просветно-политичко-пропагандско“ одељење) Министарства иностраних дела, чиме је постао стални, „указни“ чиновник. У управо формираном одељењу за одржање националне свести код српског народа у Османској империји Бранислав Нушић је сам обављао све послове, протокол, архиву, а и први акт у званичном деловоднику новог одељења завео је лично („Чизме за гаваза у Скопљу“). Знао је бугарски, македонски, новогрчки, цинцарски и помало албански језик.
Указом краљевских намесника, 31. децембра 1889. године, постављен је за писара III класе генералног конзулата у Скопљу. На овом радном месту, задржао се до 1. јула 1890. године.
Током службовања у Скопљу, једно време је боравио у Приштини где је замењивао Луку Маринковића, тадашњег вицеконзула Србије у овом месту.
Указом од 1. јула 1890. годинем као награду за целокупан рад у Скопљу и Приштини унапређен је у нову, II класу и добио је место у самом Министарству иностраних дела.
Кратку паузу у дипломатској служби прави у периоду од 6. октобра 1890. године до 1. јуна 1891. године док је био писар у Државном савету, али са унапређењем у I класу.
Указом од 1. јуна 1891. године постављен је за писара I класе конзулата у Битољу, а за свој дотадашњи пожртвовани рад, 10. септембра 1891. године, одликован је Орденом таковскога крста V реда.
Указом краља Александра Обреновића, 26. априла 1893. године именован је за вицеконзула III класе у Приштини, чиме постаје дипломата од ранга.
Указом од 23. априла 1896. године унапређен је у звање вицеконзула II класе. Краљ Александар Обреновић одликовао га је Орденом Светог Саве IV реда, а Османско царство – Орденом Османије IV степена.
Краљевим указом, 22. јануара 1897. године премештен је, у истом звању, у конзулат у Скопљу, али је одлуком министра Ђорђа Симића одређен да ради у генералном конзулату у Солуну.
У Солуну није дуго радио, указом од 10. маја 1897. године премештен је у Серез у рангу вицеконзула I класе.
За дипломатске заслуге о пожртвовани рад, црногорски књаз Никола I одликовао је Нушића 22. новембра 1897. године Орденом књаза Данила I – четвртог степена. Краљ Александар Обреновић 22. фебруара 1898. године одликовао је Нушића Орденом таковског крста IV реда, а 19. фебруара 1899. године „Медаљом за успомену четрдесетогодишњице велике Светоандрејске скупштине и признања стечених за Дом Обреновића“.
Указом од 27. маја 1899. године, Бранислав Нушић је постављен за секретара I класе Министарства иностраних дела. Међутим, на путу из Сереза у Солун, сачекала га је нова одлука министра иностраних дела којом је од 12. августа 1899. године „привремено задржат да отправља послове до доласка на дужност постављеног конзула“. Новопостављени конзул, Јован Христић, стигао је у Солун тек 3. децембра 1899. године, а Нушић је напустио Солун тек по закључењу годишњег рачуна 1. јануара 1900. године.
Нушићева дипломатска путовања по Старој Србији, Албанији и Македонији, тада у саставу Османског царства, била су прави подвиг у то нестабилно време, али дала су праву слику ових области, расположења словенског становништва и услова за могуће борбе за опстанак у овом делу Балкана. Помогао је да српска влада објави „белу књигу“ о албанским злочинима над српским становништвом, издату под насловом „Преписка о арбанаским насиљима у Старој Србији 1898–1899″.
У својим извештајима упућеним Министарству иностраних дела Србије послао је неупоредиво више планова и предлога за рад од свих других српских конзула у Османском царству. Путујући и проучавајући прилике у Османском царству, Нушић је приметио да неке области ове земље нису покривене од стране српске дипломатије. Дао је план целокупне организације конзуларних представништава: укидање конзулата у Приштини (или свођење на једног деловођу), постављање генералног конзула, вицеконзула, писара и елеве конзулске у Солуну, вицеконзула у Серезу, Охриду, Костуру и Драчу. Посебно је инсистирао на Серезу, којем би била посвећена брига о Светој Гори. Конзулат у Серезу, као и почасни конзулат у Кавали, отворени су захваљујући Нушићевој иницијативи.
Вишегодишња дипломатска делатност Бранислава Нушића била је усмерена на стварање добрих и пријатељских односа између Срба и Албанаца због заједничког живота у којем су упућени једни на друге.
„Ми Арнауте увек још познајемо само по дописима из новина о зулумима, али их не познајемо као компактну масу, чврсто организовану племенским животом где су племена, истина, увек у завади али над којима господари принцип: „Пред општим непријатељем нема заваде, нема крви, нема дуга, сви смо један!“ Арнаути представљају засебну чињеницу у будућим догађајима на Балкану. Једнога ће дана, можда и после какавих бурних догађаја на Балкану, на најповољнијем географском положају за даље експансзивне тежње, осванути нова држава од 1 500 000 можда дотле католичких становника, а под заштитом најмоћнијих сила у Европи. А то ће бити снага која ће после, за неколико деценија, измењати неколико пута карту Балкана. Треба и ту историјску случајност претпостављати, морамо и са овом будућом цифром умети да рачунамо у рачуници наше будућности.
Арнаути су елемент сродан нама; сродан по природи, по особинама, по типу, по животу. Ми смо најпозванији да му се приближимо, а ми канда, од свих који су са њима у ма каквом додиру, остајемо ипак најдаљи. После десет година можда ми ћемо ту нашу немарност сматрати као фаталну грешку и бацаћемо је на врат тада прошлости, односно садањој садашњости, као што чинимо са протеривањем Арнаута из Србије, иако је извесно било и тада људи који су били и друкчега мишљења.
Ја сам више пута у извештајима Приштинскога конзулата износио потребу веза са Арнаутима, али никад ме није могло да умири то што сам ја само својој савести одужио се тиме. Извините ми, Господине Министре, што ћу ја гдегод и кадгод нађем прилике упорно понављати ово исто.“
Оригинални акт се чува у Архиву Србије, у фонду Министарство иностраних дела – Просветно политичко одељење, под сигнатуром 1894, Р 406.
Поверљиво КППН 272. 20. 10. 1894. год. Извештај в[ице]конзула Бранислава Ђ. Нушића о путовању своме августа месеца 1894. године из Приштине у Призрен и Скадар.
(Нушић је извештај писао министру иностраних дела, Сими Лозанићу, незнајући у тренутку слања писма да је променом владе постављен нови министар – Милан Богићевић.)